秦属黔中郡五溪地，两汉为巴郡涪陵县和武陵郡迁陵县地，三国蜀汉属武陵郡酉阳县，唐属思州务川县。北宋始置平茶洞土知府，南宋又置邑梅洞、石耶洞土知府，隶羁縻思州。
　　元、明改土知府为长官司，清乾隆元年（1736年）废境内土司，置秀山县，属酉阳直隶州。县西有高秀山，高立千丈，丹崖翠壁，秀色如画，县以此名。
　　民国初属东川道，1950年属酉阳专区，1952年属涪陵专区，1983年改秀山土家族苗族自治县，1988年属黔江地区。1997年属重庆市。

　　1997年，秀山土家族苗族自治县面积2450.3平方千米，人口55.5万，其中土家族、苗族31.2万，辖3镇46乡。县政府驻中和镇。
　　2000年，秀山土家族苗族自治县辖中和、平凯、清溪场、石耶、洪安、石堤、龙池、溶溪、梅江9个镇；莲花、涌图、肖塘、官庄、红岩、迎凤、岑溪、中平、官桥、官舟、峨溶、龙贡、平马、雅江、海洋、大溪、保安、里仁、美萃、妙泉、宋农、涌洞、干川、川河、茅坡、膏田、玉屏、溪口、三合场、美沙、龙凤、塘坳、峻岭、孝溪、吏目、钟灵、中溪、兰桥、巴家、晏龙40个乡。第五次人口普查，全县总人口507522人，其中：中和镇37076人、平凯镇12001人、石耶镇9021人、洪安镇12655人、石堤镇8893人、龙池镇15490人、溶溪镇16385人、清溪场镇12999人、梅江镇13987人、官庄乡14544人、莲花乡16402人、涌图乡17939人、迎凤乡10761人、红岩乡8793人、肖塘乡7815人、中平乡7518人、官桥乡8433人、官舟乡8367人、岑溪乡7473人、龙贡乡5778人、雅江乡13845人、峨溶乡11807人、平马乡7153人、保安乡8351人、里仁乡8804人、大溪乡8073人、海洋乡6834人、宋农乡7521人、美萃乡7698人、妙泉乡6671人、干川乡5180人、涌洞乡7588人、川河乡2919人、茅坡乡4517人、溪口乡7441人、玉屏乡8811人、膏田乡7111人、龙凤乡10419人、塘坳乡8839人、孝溪乡11080人、峻岭乡16211人、三合场乡13251人、美沙乡10643人、钟灵乡11829人、兰桥乡14104人、吏目乡11043人、晏龙乡6391人、巴家乡4468人、中溪乡6590人。

　　2001年7月2日，重庆市人民政府（渝府[2001]125号）批准同意秀山土家族苗族自治县将9个镇、40个乡调整为32个乡镇。调整后秀山县乡镇平均面积由调整前的50平方千米扩大至76.57平方千米，乡镇平均人口由调整前的12050人增至18452人：
　　一、撤销22个乡：涌图、迎凤、红岩、肖塘、莲花、官桥、龙贡、美萃、川河、玉屏、茅坡、三合场、龙凤、美沙、吏目、中溪、晏龙、官庄、峨溶、雅江、峻岭、兰桥乡。
　　二、新设置5个镇
　　（1）官庄镇。镇政府驻官庄，管辖原官庄、红岩乡所属行政区域及肖塘乡的毛坡、团结、塘店、联荣、白杨坨、春光、棉花等7个村所属行政区域。面积101.72平方千米，总人口35208人，其中非农业人口2600人，辖30个村委会。
　　（2）峨溶镇。镇政府驻峨溶，管辖原峨溶乡、龙贡乡所属行政区域，面积79.61平方千米，总人口20811人，其中非农业人口3215人，辖20个村委会。
　　（3）雅江镇。镇政府驻雅江，管辖原雅江乡所属行政区域，面积70.9平方千米，总人口16753人，其中非农业人口1150人，辖15个村委会。
　　（4）隘口镇。镇政府驻隘口，管辖原峻岭乡及原塘坳乡学堂村5、6、7、8村民小组所属行政区域，面积124.46平方千米，总人口21264人，其中非农业人口1441人，辖18个村委会。
　　（5）兰桥镇。镇政府驻兰桥，管辖原兰桥乡所属行政区域，面积73.17平方千米，总人口16232人，其中非农业人口4478人，辖14个村委会。
　　三、调整7镇6乡行政区域
　　（1）中和镇。镇政府驻中和，管辖原中和镇、涌图乡、迎凤乡所属行政区域和莲花乡的郭园、凉亭、蚂蟥3个村，平凯镇石莲村1、2、3、8村民小组，面积86.75平方千米，总人口73984人，其中非农业人口28608人，辖32个村委会，5个居委会。
　　（2）平凯镇。镇政府驻平凯，管辖原平凯镇（除石莲村1、2、3、8村民小组）、官桥乡邓坝、晓教、贵联、大教、银厂、邓阳、官桥7个村和莲花乡的莲花、明家寨、大溪沟、麻姑、马西、贵贤、贵坝、长沟、平马寺等9个村所属行政区域，面积61.61平方千米，总人口32088人，其中非农业人口1971人，辖23个村委会，1个居委会。
　　（3）石耶镇。镇政府驻石耶，管辖原石耶镇和官桥乡岩坪村所属行政区域，面积37.27平方千米，总人口11278人，其中非农业人口750人，辖11个村委会。
　　（4）龙池镇。镇政府驻龙池，管辖原龙池镇、美萃乡所属行政区域，面积99.37平方千米，总人口26865人，其中非农业人口1382人，辖31个村委会。
　　（5）溶溪镇。镇政府驻溶溪，管辖原溶溪镇、玉屏乡的感治、甘溪、老雅3个村所属行政区域，面积109.42平方千米，总人口21237人，其中非农业人口1076人，辖16个村委会。
　　（6）清溪场镇。镇政府驻清溪场，管辖原清溪场镇、三合场乡、龙凤乡和美沙乡的贵明、溪西、芒洞、桂塘、猴梨、长岗、大井、龙脑、秀高、兴联等10个村所属行政区域，面积83.34平方千米，总人口56079人，其中非农业人口5068人，辖42个村委会。
　　（7）梅江镇。镇政府驻梅江，管辖原梅江镇、吏目乡、晏龙乡所属行政区域，面积142.2平方千米，总人口36831人，非农业人口1210人，辖31个村委会。
　　（8）妙泉乡。乡政府驻姚家湾，管辖原妙泉乡、肖塘乡的响塘、热水等2个村所属行政区域，面积59.70平方千米，总人口9372人，其中非农业人口222人，辖12个村委会。
　　（9）涌洞乡。乡政府驻涌洞，管辖原涌洞乡、川河乡所属行政区域，面积67.78平方千米，总人口12130人，其中非农业人口455人，辖16个村委会。
　　（10）膏田乡。乡政府驻膏田，管辖原膏田乡、茅坡乡所属行政区域，面积150.86平方千米，总人口14496人，其中非农业人口285人，辖18个村委会。
　　（11）溪口乡。乡政府驻溪口，管辖原溪口乡、玉屏乡的白岩头、白粉墙、四塘、龙洞、杨柳坝、天塘、芭蕉、枫香等8个村所属行政区域，面积92.20平方千米，人口17543人，其中非农业人口911人，辖19个村委会。
　　（12）钟灵乡。乡政府驻马路口，管辖原钟灵乡、中溪乡所属行政区域，面积157.68平方千米，总人口21910人，其中非农业人口372人，辖23个村委会。
　　（13）塘坳乡。乡政府驻凉水井，管辖原塘坳乡（学堂村响水岩、学堂坳、大竹园、朗溪寨4个村民组除外）、美沙乡文家村所属行政区域，面积48.69平方千米，总人口11782人，其中非农业人口158人，辖15个村委会。
　　四、保留洪安、石堤2个镇和中平、岑溪、官舟、平马、海洋、大溪、保安、里仁、宋农、干川、孝溪、巴家等12个乡行政区域不变。

　　2002年，秀山土家族苗族自治县辖14个镇、18个乡，8个居委会、522个村委会。年末户籍总人口59.98万人，其中非农业人口5.14万人。